El 24 de marzo de 1976 fue detenido en su casa en San Luis, luego de una profunda requisa, con destino desconocido. Alejo tenía 33 años. Permaneció detenido desaparecido hasta noviembre de 1976. De San Luis es trasladado a La Plata donde permanece como detenido a disposición del Poder Ejecutivo Nacional hasta 1979, cuando es liberado bajo vigilancia. Durante su cautiverio fue torturado en reiteradas ocasiones.